晚晴园始建于19世纪末。当时是由橡胶业巨头张永福为他的母亲陈宝娘女士买下的一幢独立洋房。张永福是中国革命事业的热心支持者。1906年2月，他将这幢独立洋房送给孙中山先生，以方便他进行革命活动。1911年，中国革命成功后，晚晴园由当时的中华总商会 (现在的新加坡中华总商会) 接管。
1964年12月，为了纪念孙中山先生及其革命活动，中华总商会对晚晴园进行翻新。翻新工作于1965年结束。晚晴园也随之更名为孙中山故居。
1994年，古迹保存局将孙中山故居评定为国家级古迹。1996年，中华总商会将其更名为孙中山南洋纪念馆，以追念孙中山先生在东南亚一带的革命事迹。1997年，中华总商会成立了子公司孙中山南洋纪念馆有限公司，负责纪念馆的修复工作。
晚晴园修复委员会是由新加坡中华总商会会长郭令裕发起并成立的。在郭先生领导下，委员会属下还包含了五个工作小组，彼此为着共同的目标奋斗不懈。经过四年的艰苦耕耘，终于将晚晴园改造成孙中山南洋纪念馆。
经过了4年的修复，这栋耗资新币800万的纪念馆，已在2001年11月12日，由内阁资政李光耀主持开幕典礼。
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